Целите на ИПУРИ са да подпомага, насърчава, представлява и защитава общите интереси на отделните региони в България, да разработва стратегии и подпомага МСП, насочени към развитие на предприемачеството и иновациите; да разработва проекти и прилага добри практики в областта на регионалното развитие, социалната интеграция, съхраняването на културно-историческото наследство и биоразнообразието.

Със своята дейност Институтът подпомага икономическото развитие и соцалното сближаване в регионите в страната и в Европа; спомага за предоляване на различията между хората в общностите; насърчава заетостта чрез повишаване на компетенциите; способства за развитието и прилагането на политики в областта на предприемачеството и иновациите; възстановява, съхранява и популяризира културно-историческото наследство и биоразнообразието за постигане на устойчиво развитие и благосъстояние на гражданите на Република България.